Počátky
První podzemní linka, známá jako IRT (Interborough Rapid Transit), byla otevřena 27. října 1904, téměř 35 let po otevření první nadzemní dráhy v New Yorku. V době otevření prvního metra byly tratě sloučeny do dvou soukromých korporací, Brooklyn Rapid Transit Company (BRT, později Brooklyn-Manhattan Transit Corporation, BMT) a Interborough Rapid Transit Company (IRT).
Po roce 1913 byly všechny tratě postavené pro IRT a většina tratí postavených pro BRT vystavěny městem a pronajaty těmto společnostem. První linka městem vlastněného a provozovaného systému nezávislého metra (IND) byla otevřena v roce 1932; tento systém měl konkurovat soukromým systémům a umožnit zbourání některých nadzemních drah. Byl však realizován pouze v jádru města kvůli nízkému počátečnímu kapitálu, který městské dopravní radě poskytl stát. To si vyžádalo jízdné až dvojnásobně vyšší než v té době populární za ceny pouhých 5 centů.
Vzestup IND a krize
V roce 1940 převzalo provozování dříve soukromě provozovaných systémů město. Některé nadzemní tratě byly uzavřeny okamžitě, jiné brzy poté. Integrace probíhala pomalu, ale bylo vybudováno několik spojů mezi linkami IND a BMT.
V roce 1953 vznikl veřejný orgán NYCTA, jemuž předsedá město New York, a který od města převzal provoz metra, autobusů a tramvají. v roce 1968 přešla NYCTA pod kontrolu MTA na státní úrovni. Brzy poté, co MTA převzala kontrolu nad metrem, se New York dostal do fiskální krize. Uzavřelo mnoho nadzemních linek metra, jejichž údržba se stala příliš nákladnou.
Rozšířily se graffiti a kriminalita a zařízení a stanice se dostaly do havarijního stavu. Newyorské metro se snažilo zůstat solventní, a proto muselo přistoupit k mnoha omezením služeb a odložit nezbytné projekty údržby. V 80. letech 20. století byl zahájen program financování obnovy metra v hodnotě 18 miliard dolarů.
Tragédie roku 2001
Útoky z 11. září způsobily strach populace a přerušení provozu metra, zejména na lince IRT Broadway-Seventh Avenue, která vedla přímo pod Světovým obchodním centrem. Části tunelu a stanice Cortlandt Street, které se nacházely přímo pod Dvojčaty, byly vážně poškozeny a musely být obnoveny, což si vyžádalo přerušení provozu na této trati. Deset dalších blízkých stanic bylo dočasně uzavřeno.
Do března 2002 bylo sedm z těchto stanic znovu otevřeno. Ostatní stanice (kromě Cortlandt Street na lince IRT Broadway-Seventh Avenue) byly znovu otevřeny 15. září 2002.
